md5deep是一个并行校验MD5值的工具，其速度非常快，比md5sum快几个次元。

[root@deep ~]# time md5deep -lr /etc >etc.md5

real	0m0.497s
user	0m0.107s
sys	0m0.210s
[root@deep ~]# wc -l etc.md5
1749 etc.md5

安装md5deep

epel源里面有，直接安装即可
yum --enablerepo=epel -y install md5deep

md5deep常见用法

给/etc目录下所有文件做校验，并保存校验值到etc.md5
md5deep -lr /etc >etc.md5

通过前期生成的文档校验/etc目录下是否有文件被修改，若被修改，则显示被修改的文件

[root@deep ~]# md5deep -X etc.md5 -r /etc/*

-X参数的意思是若有被修改的文件，则输出被修改的文件，否则不输出任何东西。

[root@deep ~]# useradd hqidi.com
[root@deep ~]# md5deep -X etc.md5 -r /etc/*
957433c65521db442c598972449acb49  /etc/group
6fd9bdd03a3668ce58acbd464ae7a4ec  /etc/gshadow
93b501ce03e7aaa68dfe33fadfb637f2  /etc/passwd
4293155b20ef45f3d8a7f05b17482ada  /etc/shadow

添加一个用户，修改了如上四个文件。

最后附上一个windows平台MD5校验工具的一个小技巧:
当需要校验多个大文件的MD5时，正确的方法是多开程序并行校验。